Náš příběh začíná rok poté, co Link porazil Ganondorf a Midna vrátil do Twilight realm. Odkaz byl předvolán k hradu Hyrule kde Zelda říká odkaz, že ve snu, co jí bylo řečeno, starověký artefakt, který byl uložen v chrámu času a ona chce, aby ji načíst.
